El declive de Pisa inició en la segunda mitad del siglo XIII, con el fin de la dinastía suaba: la ciudad, sólida tradición gibelina y siempre ha caras con el Imperio, con la muerte de Federico II perdió a su mejor aliado.
Será de infligir un golpe decisivo, la destrucción de su flota en la batalla de Meloria (1284).
Pisa perdió así su supremacía comercial y sus dominios, también vio la escalada de las luchas internas entre facciones, marcadas por los golpes y feroces represalias: una de las figuras emblemáticas de este período fue el conde Ugolino della Gherardesca, la protagonista de una de las más canciones trágicas del Infierno de Dante.
La inestabilidad política dio a la ciudad la primera regla de los Visconti y después de 1406, tras un largo asedio, en Florencia.